根据教育部批复的2009年度“二上”预算，以及2009年度决算，学校2009年度的总收入预算为27.24亿元，总收入决算为30.20亿元，收入预算完成率为110.9%。总支出预算为27.24亿元，总支出决算为28.04亿元，支出预算执行率为102.9%。学校2009年度预决算总貌如下表所示：
复旦大学2009年度预决算总表（单位：亿元）
| 项目 | 2009年预算 | 2009年决算 |
| 一、收入 | | |
| 1、教育部拨款 | 7.42 | 8.94 |
| 2、上海市拨款 | 1.97 | 2.95 |
| 3、教育事业收入 | 7.80 | 7.82 |
| 4、科研事业收入 | 6.70 | 6.60 |
| 5、其他收入 | 3.35 | 3.89 |
| 收入合计 | 27.24 | 30.20 |
| 二、支出 | | |
| 1、基本建设支出 | 1.49 | 0.49 |
| 2、教育事业支出 | 19.05 | 21.62 |
| 其中： 工资福利支出 | 6.95 | 7.89 |
| 商品和服务支出 | 6.38 | 7.24 |
| 对个人和家庭的补助支出 | 3.82 | 4.33 |
| 资本性支出 | 1.53 | 1.79 |
| 债务利息支出 | 0.37 | 0.37 |
| 3、科研事业支出 | 6.70 | 5.93 |
| 其中： 工资福利支出 | 0.28 | 0.25 |
| 商品和服务支出 | 5.28 | 4.68 |
| 对个人和家庭的补助支出 | | |
| 资本性支出 | 1.14 | 1.01 |
| 支出合计 | 27.24 | 28.04 |
